העמותה מנוהלת ע"י המועצה העליונה שהיא בעצם הוועד המנהל של העמותה. במועצה העליונה בין 33 ל-57 צירים חברי העמותה, צירים חברי העמותה נבחרים לפי החלטת האסיפה הכללית.

מבין חברי המועצה העליונה, הוועדים המחוזיים בוחרים את 32 צירים לפי הפירוט הבא:

ועד מחוז רמלה            -     7 צירים

ועד מחוז אשדוד           -     7 צירים

ועד מחוז באר שבע       -     3 צירים

ועד מחוז רנן                -      3 צירים

ועד מחוז מצליח           -      3 צירים

ועד מחוז אופקים         -       3 צירים

ועד מחוז קרית גת        -      2 צירים

ועד מחוז בת ים              -    2 צירים

ועד מחוז ראשל"צ        -       2 צירים

האסיפה הכללית בוחרת ביו"ר המועצה העליונה, אשר יהיה אחד הצירים.

מועצת החכמים ממנה בין 1 עד 9 צירים (מבין חבריה או לא, לפי שיקול דעתה), שאחד מהם יהיה הרב הראשי.

בתאריך 14.11.2019 נבחר יו"ר חדש לעמותה מר אליהו אלטחן שהחליף את היו"ר הקודם אלי שלום שמואל הלוי.

שני סגני היו"ר הם מר עדי ירושלמי ואלי שלום שמואל הלוי.