לא ידוע רבות על חייו של יהודה הדסי, אולם מהפרטים הבודדים שידועים לנו, ניתן לומר  שהוא למד אצל אביו החכם יהודה ובעיקר בבית המדרש של אחיו הגדול נתן. הוא היה בקיא בכל גוני הספרות הרבנית כגון תלמודים הבבלי והירושלמי. הוא שלט בשפות רבות ביניהן עברית, ערבית, יוונית וארמית.

ב9 באוקטובר 1148 הוא החל בכתיבת ספרו העיקרי שנקרא בשם אשכֹל הכֹפר או "ספר הפלס". שמו של הספר מובא בתחילת פרק כ"ד בספר: "שבתי וראה אני החוקק זה לשם ה' וקראתי שמו 'אשכול הכופר' וכינויו 'ספר הפלס': פלס ומאזני משפט לה'". ספר זה הוא ספר ביאור מצוות המהווה מעין אינציקלופדיה של האמונה. הספר מסודר לפי סדר עשרת הדיברות ולפי סדר האלף-בית וכתוב בסגנון של פרוזה חרוזה, כאשר החכם הדסי מבאר את המצוות באופן פילוסופי לפי סדר הנושאים. בספר זה הוא מביא מדברי החכמים הקראים שקדמו לו ולכן הוא מהווה מקור מידע חשוב על דעות חכמי הקראים שקדמו לו.

יהודה הדסי היה הראשון מבין כל חכמי עם ישראל, קראים ורבניים שסידר את עיקרי האמונה היהודית. לעיקרים אלה הוא קרא "אישורים" אותם הוא העמיד על עשרה.

יהודה הדסי התנגד באופן מובהק לגילויי עבודה זרה ביהדות זמנו. הוא תוקף את המאמינים בשדים וברוחות וכן את המאמינים באסטרולוגיה.

ספר נוסף שחיבר הוא ספר הדקדוק "תרין בתרין". ספר זה מבאר המשמעויות השונות של מילים דומות בתנ"ך והוא מהווה המשך לעבודתו של החכם אהרון בן אשר.

הדסי חיבר גם פיוטים שארבעה מהם מופיעים בסידור התפילות הקראי.