לפי הכתוב בספר בראשית, את ברית המילה יש לקיים ביום השמיני להולדת הבן, אפילו אם הוא חל בשבת או במועד ובתנאי שהנולד בריא.

היהדות הקראית רואה בטקס המילה ביטוי לברית בין עם ישראל ואלוהים ולדבקותו של העם היהודי במסורתו המקודשת במשך הדורות. נאמנה לדרכה, מבקשת היהדות הקראית לשמר את המצווה כפשוטה ואת המנהג המסורתי. במסגרת זו, אנו שמים את הדגש על הבטחת בריאותו ושלומו של התינוק הנימול בצד השמירה על מטבע הטקס המסורתי. אשר על כן אנו מעודדים את ביצוע המילה על ידי מוהל יהודי-קראי.

התורה מצווה אותנו למול את העורלה (העור המכסה את העטרה), ולא דבר אחר נוסף על כך.

המוהלים הקראים נאמנים לפשט הכתוב, ואינם מבצעים נוסף למילה שני הליכים נוספים שמבצעים המוהלים הרבניים, והם: פריעה ומציצה.

• הפריעה - הסרת העור הדק הפנימי המכסה את העטרה (תחילת הפין), בעזרת הציפורן, ולא על ידי כלי המילה.

• המציצה - מציצה של איבר המין של התינוק על ידי המוהל כדי להוציא את "דם הברית" לפי שיטתם.

המוהלים הקראים אינם מבצעים את שתי הפעולות הללו היות שחיובן הוא הוספה אסורה על הכתוב בתורה, ונאמר "לֹא תֹסִפוּ עַל-הַדָּבָר אֲשֶׁר אָנֹכִי מְצַוֶּה אֶתְכֶם וְלֹא תִגְרְעוּ מִמֶּנּוּ לִשְׁמֹר אֶת-מִצְוֹת ה' אֱלֹהֵיכֶם אֲשֶׁר אָנֹכִי מְצַוֶּה אֶתְכֶם" (דברים ד 2). יתר על כן, באי-עשיית פעולות אלה, מפחיתים המוהלים הקראים את הסיכוי של התינוק להידבק במחלות רבות, לרבות הרפס, שעלולות להיגרם לתינוקות בעקבות המציצה הישירה, ובנוסף הברית הקראית מונעת כאב מיותר לתינוק ומפחית את החששות לנזקים בריאותיים.

נוסף על כך, המוהלים הקראים בארץ, משתמשים במגן עורלה חדש עם נעילה אשר מונע דימום יתר, ולכן אין  צורך לעשות חבישה לוחצת לעצור את הדימום, באופן שמכאיב לתינוק, עד כדי כך שהוא לא יכול לעשות את צרכיו. היהודים הרבניים אינם משתמשים במגן זה משום שהם צריכים לבצע מציצה, וכתוצאה מכך התינוק מדמם יותר.

לפי מנהג היהודים הקראים בארץ, טרם טקס ברית המילה, בוחרים בשלוש שושבינות המלוות ומובילות את התינוק אל הטקס. בחיים היהודיים לא צועד האדם לבדו, כך גם התינוק מלווה בשושבינות בדרך אל טקס מילתו. תפקידה של המלווה לקבל את התינוק מאמו בתחילת הברית ולהעבירו אל הסנדק  הניצב ליד המוהל. מנהג הוא לבחור בשושבינה שנישאה לאחרונה וטרם הפכה לאם או לבחורה שטרם נישאה.השושבינה מלווה ע"י שתי  נשים העומדות משני צידיה. השושבינות הולכות הלוך וחזור 7 פעמים עם הרך הנולד שברקע כל קהל המוזמנים מנעימים בשירי טקס הברית המסורתיים, כשהן נושאות בנוסף לתינוק גם ענפי הדס.

לאחר מכן, התינוק נמסר לסנדק שהוא האיש שעל ברכיו מונח התינוק בזמן הברית, בדרך-כלל על גבי כרית, על-מנת שיחזיקו בזמן מעשה. לתפקיד זה מקובל לבחור את אחד המכובדים במשפחה.

בשלב זה מנחה המוהל או הרב את הטקס, ומבצעים את המילה, ביחד עם שאר הברכות הנהוגות, וגם קוראים לראשונה בשמו של הנולד.

היהדות הקראית מציעה להורים ולמשפחה לציין את הלידה במעמד נוסף של ברכה מסורתית בבית הכנסת ובעליית האב לתורה בשבת הסמוכה שלאחר הלידה (תוך הקפדה על טהרה בעת ההגעה לבית התפילה) לציון הלידה והצטרפותו של הבן החדש למשפחתכם. "בָּרוּךְ הַבָּא בְּשֵׁם ה" (תהילים קיח 26).